El Sistema Integral de Seguimiento y Evaluación (SISE) es la herramienta diseñada para el control de la gestión de los programas públicos de ayudas a las actividades de I+D+I, de mejora de la transparencia y publicidad de las actuaciones, de modo que los ciudadanos y la sociedad española pueda conocer mejor las actividades que se financian con los fondos públicos. Asimismo, el SISE se erige en un sistema para la producción de información y análisis con el fin de alimentar el propio proceso de planificación, revisión, actualización y adecuación de los objetivos de las políticas públicas en materia de ciencia y tecnología a los nuevos escenarios.

El SISE se integra en el Plan Nacional de I+D+I 2008-2011 como mecanismo de senguimiento y evaluación de las políticas de investigación e innovación y se caracteriza por incorporar la evaluación ex-post de los resultados de los programas de I+D a los procesos de evaluación continua a los que toda política pública debe estar sometida, para revisar las actuaciones existentes e identificar la necesidad de nuevas iniciativas. 

El SISE, por lo tanto, tiene en su horizonte convertirse en el Observatorio permanente del Sistema español de ciencia-tecnología-sociedad, como plataforma de análisis y seguimiento permanente de las actuaciones financiadas y ejecutadas en materia de ciencia y tecnología, elaborando o promoviendo la elaboración de estudios generales y sectoriales que detecten e identifiquen las necesidades y déficit existentes en el sistema y que contribuyan al aprendizaje sobre las políticas de I+D+I y al perfeccionamiento y mejora de las actuaciones.

De entre sus funciones cabe destacar el seguimiento de los indicadores utilizados internacionalmente en la medición de las capacidades en ciencia y tecnología, con especial referencia a los indicadores de recursos económicos, humanos y de resultados asociados a los objetivos estratégicos del Plan Nacional de I+D+I 2008-2011, y de la estrategia INGENIO 2010. También es importante la contribución a la revisión de las estimaciones realizadas e incluso la propuesta, fundada analíticamente, y el diseño de medidas correctoras que posibiliten la consecución de los escenarios establecidos y la identificación de nuevos indicadores capaces de mostrar la efectividad de las actuaciones ejecutadas.

El ejercicio de análisis y seguimiento de los indicadores generales del Plan Nacional y de INGENIO 2010, así como de la evaluación de las actividades puestas en marcha a su amparo, deberá servir de herramienta para la definición y formulación de propuesta de nuevas actuaciones y mecanismos de financiación, y de base para el suministro ad hoc de cuanta información sea necesaria para los procesos de toma de decisiones de los poderes políticos.

Son, por lo tanto, objetivos generales:

1. Establecer un marco lógico que sea capaz de relacionar de manera racional, global y jerarquizada los objetivos establecidos en el Plan Nacional con los instrumentos identificados para su consecución.
2. Instalar un sistema de seguimiento y evaluación que contemple, tanto los aspectos administrativos como los técnicos y los estratégicos.
3. Identificar una batería de indicadores para cada instrumento, que permita de una forma sencilla el análisis del grado de cumplimiento de los objetivos establecidos, la evaluación de los resultados obtenidos y de su impacto en el sistema español de ciencia y tecnología.

El objetivo último es observar el funcionamiento completo del sistema y elevar propuestas de mejora sobre los problemas identificados.

Para acometer este objetivo, el SISE está desarrollando las siguientes líneas de actividad:

1. Descripción del Sistema español de Ciencia y Tecnología, de su estructura y de los agentes que lo componen.
2. Elaboración y seguimiento de los indicadores del Sistema, de los Planes Nacionales de I+D+I de 2004-2007 y 2008-2011, y de INGENIO 2010.
3. Elaboración y publicación de estudios e informes relacionados con la evolución de la investigación y la innovación.
4. Análisis de los resultados de las convocatorias, atendiendo a su distribución regional, tipo de actuación,... y la publicación detallada de las ayudas concedidas anualmente (título de los proyectos, empresa o centro ejecutor,... )
5. Publicación de la información de las convocatorias previstas para el correspondiente ejercicio, a través del Programa de Trabajo anual, y la presenta atendiendo al sector destinatario de los programas de ayudas (público o privado), de tal forma que facilite la consulta a los potenciales usuarios antes de su publicación.
6. Publicación de las convocatorias de ayudas a la I+D+I de todos los departamentos ministeriales de la Administración General del Estado y de las CCAA. El SISE facilita un buscador avanzado de convocatorias que permite el acceso rápido a la información y un sistema de alertas que, a través del registro de los investigadores, suministra la información de las convocatorias deseadas vía mail.
7. Boletín de noticias de ciencia y tecnología.